Un système de surveillance développé par l’École de médecine de l’Université de Pittsburgh a réussi à détecter une épidémie d’infection résistante aux médicaments propagée par des gouttes pour les yeux plusieurs mois avant que les autorités nationales de santé publique ne le révèlent. Ce système, connu sous le nom de Système de détection améliorée de la transmission associée aux soins de santé (EDS-HAT), a signalé des cas de l’infection dans un hôpital de l’UPMC et a démontré le potentiel de la surveillance du séquençage complet du génome pour détecter et stopper les épidémies plus rapidement.
Le séquençage complet du génome est une technologie qui analyse les empreintes digitales uniques de l’ADN des pathogènes dans l’échantillon d’un patient. En comparant le code génétique des échantillons de différents patients, les chercheurs peuvent déterminer s’il y a une correspondance étroite, indiquant une épidémie. L’utilisation du séquençage complet du génome a permis aux chercheurs d’identifier l’épidémie de l’infection résistante aux médicaments liée à l’utilisation de larmes artificielles.
L’UPMC est l’un des rares systèmes hospitaliers aux États-Unis à utiliser le séquençage complet du génome de cette manière. En octobre 2022, l’UPMC a détecté deux cas de l’infection résistante aux médicaments grâce à l’EDS-HAT, bien qu’il n’y ait aucune connexion apparente entre les patients. Cependant, lorsque les CDC ont partagé le code génétique, il a été découvert que les deux cas faisaient partie de l’épidémie liée aux larmes artificielles.
Une analyse plus approfondie des séquences génétiques a révélé que l’origine de la bactérie pouvait être retracée jusqu’à des échantillons prélevés en 2013 et 2018 en Inde et au Nigeria. Les résultats suggèrent que les gouttes pour les yeux étaient probablement contaminées dans une installation de fabrication à l’étranger. Cette information aurait pu être détectée beaucoup plus tôt si plus d’hôpitaux utilisaient la surveillance du séquençage complet du génome et partageaient leurs résultats avec une base de données publique centralisée.
L’équipe de recherche souligne l’importance de mettre en œuvre cette technologie dans les hôpitaux pour détecter et prévenir les épidémies de manière plus efficace. En utilisant la surveillance du séquençage complet du génome, les hôpitaux peuvent identifier et répondre plus rapidement aux épidémies survenant dans leurs murs. De plus, le partage de ces données avec d’autres hôpitaux et les autorités de santé publique peut contribuer à arrêter les épidémies nationales dans leur élan.
L’étude met en évidence le potentiel des systèmes de surveillance des maladies infectieuses et le rôle du séquençage complet du génome dans la détection et la prévention de la propagation des infections résistantes aux médicaments.
Source : The Journal of Infectious Diseases
